HUS mukaan eurooppalaiseen konsortioon kehittämään patologian kudosleiketietokantaa ja tekoälypohjaista diagnostiikkaa

Patologian näytteet ovat oleellisessa roolissa monien sairauksien, kuten syövän ja autoimmuunisairauksien diagnostiikassa. Ne ovat myös elinsiirron jälkeisen hyljinnän seurannan kulmakivi sekä kriittinen apu lääkkeiden turvallisuuden arvioinnissa. Patologia perustuu kudosleikkeiden tutkimiseen mikroskoopilla. Perinteisesti kokenut patologi tutkii kudosleikettä mikroskoopilla ja tekee diagnoosin näkemänsä perusteella.

Euroopan unionin Innovative Medicines Initiative (IMI) -rahoitusta saaneen BIGPICTURE-hankkeen tavoitteena on luoda ensimmäinen eurooppalainen, eettinen ja tietosuojaltaan yhteensopiva patologian toimintaympäristö hyödyntämällä tekoälyalgoritmeja. Hanke sai rahoitusta yhteensä 70 miljoonaa euroa.  

Hanke alkoi 1. helmikuuta 2021 ja kestää kuusi vuotta. Hankkeessa rakennetaan alusta, jonka kehittämiseen osallistuu patologeja, tutkijoita, tekoälyn kehittäjiä, potilaita ja teollisuuden edustajia. Alustalla jaetut tietoaineistot ja algoritmit ovat tutkimuksen käytettävissä ja sen ylläpitoa on tarkoitus jatkaa myös projektin päätyttyä.

”Digitalisaatio ja koneoppimisen menetelmät ovat nopeasti muuttamassa patologian erikoisalaa. Digitalisoituja kuvia voidaan jakaa ja tutkia pitkienkin etäisyyksien päästä. Kuvien analysointiin voidaan käyttää tekoälysovelluksia, jotka auttavat patologia tulkitsemaan löydöksiä. Koneoppimisen keinot tehostavat diagnostiikkaa ja korvaavat ja vähentävät koe-eläinten käyttöä lääketieteellisessä tutkimuksessa”, kuvailee patologian professori, Helsingin Biopankin tieteellinen johtaja Olli Carpén.

HUSilla on projektissa koordinaatiovastuu erityisesti keuhkojen ja hengitysteiden diagnostisten näytteiden keräämisessä. Lisäksi se toimii kliinisenä asiantuntijana patologisten kuvien turvallisen käyttöympäristön rakentamisessa.

”Olen vakuuttunut, että BIGPICTURE vie alan tutkimusta eteenpäin ja parantaa patologian diagnostiikkaa ja sitä kautta potilaiden hoitoa. Suomessa on vahvaa osaamista tällä alalla, ja Helsingin Biopankin hallinnoimat patologian näyteaineistot soveltuvat erinomaisesti tähän hankkeeseen”, sanoo Carpén.

Lisätietoja:

Olli Carpén
patologian professori, ylilääkäri, Helsingin Biopankin tieteellinen johtaja
olli.carpen@helsinki.fi

Hankkeeseen osallistuvat konsortiokumppanit ovat:

Akateemiset yhteistyökumppanit: Radboud University Medical Center (NL), Linköping University (SE), Leeds Teaching Hospitals NHS Trust (UK), University Medical Centre Utrecht (NL), Uppsala University (SE, ELIXIR node), Haute Ecole Spécialisé de Suisse Occidentale (CH), Technical University Eindhoven (NL), University of Warwick (UK), Technical University of Munich (DE), Medical University Graz (AT), Institut Pasteur (FR), University of Liege (BE), University of Semmelweis (HU), National Cancer Institute (NL), Region Östergötland (SE), Medical University Vienna (AT), University of Marburg (DE), Helsingin ja Uudenmaan sairaanhoitopiirin (HUS) kuntayhtymä (FI).

Lääkeyhtiöt: Novartis Pharma AG (CH), Janssen Pharmaceutica NV (BE), Bayer AG (DE), Boehringer Ingelheim International GmbH (DE), Novo Nordisk A/S (DK), Pfizer (US), Genentech – Roche (US), Sanofi Aventis recherche et Développement (FR), Institut de Recherches Internationales Servier (FR), and UCB Biopharma SRL (BE).

Muut julkiset ja yksityiset organisaatiot: CSC – IT Center for Science Finland (FI, ELIXIR node), Biobanks and biomolecular resources research infrastructure (AT), Azienda Ospedaliera Per L’Emergenza Cannizzaro (IT), Fraunhofer-Gesellschaft zur Förderung der angewandten Forschung e.V.(DE), Deutsches Institut für Normung E.V. (DE), European Institute for Innovation through Health Data (BE), European Society of Pathology (BE), Digital pathology association (US), GBG Forschungs Gmbh (DE), ttopstart (NL), Sectra AB (SE), Cytomine SCRLFS (BE), Stichting Lygature (NL), Owkin (FR), Deciphex (IE), MedicalPhit (NL), Timelex (BE).